Ο Ιωάννης Καποδίστριας μαζί με τον πατέρα του ξεκινάνε συνωμοτικές κινήσεις με σκοπό το διώξιμο των Γάλλων. Επωφελούνται από το γεγονός ότι την εποχή εκείνη οι Ρώσοι και οι Τούρκοι κηρύσσουν τον πόλεμο στη Γαλλία και Ρωσσοτουρκικός στόλος καταπλέει στη Κέρκυρα.
Οι Γάλλοι όμως αντιλαμβάνονται τις συνωμοτικές αυτές κινήσεις, συλλαμβάνουν πατέρα και γιο Καποδίστρια, τους καταδικάζουν σε θάνατο και τους βάζουν στη φυλακή. Όμως οι γάλλοι ηττώνται, ο Ρωσσοτουρκικός στόλος καταλαμβάνει το νησί και οι Καποδίστριες απελευθερώνονται. Μάλιστα ο Ιωάννης αναλαμβάνει αρχίατρος του Τουρκικού νοσοκομείου!
Ο Καποδίστριας συνεχίζει τις προσπάθειές του να απελευθερωθούν τα Επτάνησα και να δημιουργηθεί Βυζαντινό κράτος και αυτός να εκπροσωπήσει το Βυζαντινό Κράτος της Επτανήσου στη διεθνή σκηνή και να πετύχει και τη απελευθέρωση της υπόλοιπης Ελλάδας. ΔΕΝ ΤΟ ΚΡΥΒΕΙ!
Όταν αργότερα τα Επτάνησα, η Κέρκυρα στην αρχή και τα υπόλοιπα μετά, κατάφεραν να αποκτήσουν μια στοιχειώδη ανεξαρτησία ο Σπύρος Θεοτόκης ορίστηκε σαν ηγεμόνας της Κέρκυρας, ο δε Καποδίστριας πήρε το τίτλο του αυτοκρατορικού επιτηρητή». Το δε πολίτευμα της Κέρκυρας αρχικά και των υπόλοιπων Επτανήσων αργότερα ονομάστηκε «Βυζαντινό Πολίτευμα».
Έχουμε δηλαδή τότε 4-5 απελευθερωμένα νησιά όπου οι κάτοικοι δεν είχαν νιώσει την Τουρκοκρατία και είχαν μια μόρφωση μεγαλύτερη από τους Έλληνες της Ηπειρωτικής Ελλάδας, ενώ μέσα τους είχαν το ιδανικό της απελευθέρωσης της Ελλάδας και της αναβίωσης της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας.
Με τον πόλεμο αυτό ήρθε σε πρώτη επαφή με τους Ρώσους. Αργότερα θα τον δούμε να πηγαίνει στη Ρωσία και να γίνεται μεγάλος και τρανός.
Εκείνη την εποχή, για την ακρίβεια το 1805-1807 ο Αλί Πασάς εκστρατεύει στη Νότια Ελλάδα με σκοπό να περάσει απέναντι και να καταλάβει τη Λευκάδα. Οι Λευκάδιοι ζητούν τη βοήθεια του Καποδίστρια. Ο Καποδίστριας με τη συμπαράσταση του κλήρου και ιδίως του μητροπολίτη Άρτας Ιγνατίου σπεύδει σε βοήθεια με εθελοντές από το Σούλι, με Κερκυραίους και Κεφαλλονίτες στρατιώτες και αρχίζει να οχυρώνει τη Λευκάδα. Παίρνει ο ίδιος μια αξίνα και αρχίζει να σκάβει μια τάφρο η οποία, κατά τον Καποδίστρια, θα γινόταν ο τάφος ή ο δικός μας ή των τούρκων.
Ο Αλί Πασάς βλέποντας τις ετοιμασίες δεν διακινδύνεψε να κάνει απόβαση και επέστρεψε πίσω. Έτσι ο Καποδίστριας διαφημίστηκε σαν ο άνθρωπος που μπόρεσε να αντιμετωπίσει μια επίθεση των τούρκων με επιτυχία!
Τότε τον επισκέφτηκαν δυο μεγάλες μορφές της εποχής. Ο Κολοκοτρώνης και ο Μπότσαρης και είχαν μια μακρά συζήτηση. Δεν ξέρουμε τι είπαν! Εκείνα που γράφουν ορισμένοι ιστορικοί ότι του παραπονέθηκαν για τα προβλήματα που έχουν με τους Εγγλέζους είναι εικασίες (ίσως έχουν κάποια δόση αλήθειας, τίποτα όμως δεν είναι σίγουρο). Αυτό που ξέρουμε είναι ότι μετά τη συζήτηση ο Καποδίστριας άνοιξε το ταμείο του και έδωσε ένα τεράστιο χρηματικό ποσό στο Κολοκοτρώνη και στον Μπότσαρη!
