Οι γιατροί και το νοσηλευτικό προσωπικό τον αγαπούσαν πολύ και έδειχναν μεγάλο ενδιαφέρον. Και μόνο που έμεινε δύο χρόνια εκεί μέσα και με τόσο κόσμο κάθε μέρα και τόση ενόχληση, λέει πολλά. Ο θάλαμος 653 σαν να ήταν καλογερικό κελί. Τις τελευταίες εικοσιδύο μέρες ο Γέροντας είχε πέσει σε κώμα και ούτε μιλούσε, ούτε εκινείτο. Εκτός τα μάτια, είχαν πάθει και άλλα ζωτικά όργανα όπως τα νεφρά, η καρδιά και το συκώτι και πλησίαζε το τέλος.
Τελευταία, τον είχαν βάλει και στο τεχνητό νεφρό, αλλά ο οργανισμός του δεν δεχόταν την αιμοκάθαρση και υπέφερε πολύ. Το αίμα που καθάριζε, σε δυο ώρες είχε ξανά μολυνθεί, και έτσι περιήλθε, όπως μας είπε ο καθηγητής, σε σηψαιμικό κώμα και επήλθε ο θάνατος. Ήταν 23 Μαΐου του 1999, ημέρα Κυριακή.
Το σκήνωμα του αγίου γέροντα Ευμενίου μεταφέρθηκε στην εκκλησία των Αγίων Αναργύρων, όπου εψάλη τρισάγιο και στη συνέχεια εκτέθηκε σε λαϊκό προσκύνημα. Το τι γινόταν εκεί όλη τη νύχτα της 23ης Μαΐου, δεν περιγράφεται. "Κλαυθμός και οδυρμός πολύς". Προεξάρχων του κλήρου ήταν ο Σεβασμιώτατος Μητροπολίτης Νικαίας κ. Αλέξιος.
Επίσης, ευρισκόμενοι στην Αθήνα για την επίσκεψη του Οικουμενικού Πατριάρχου κ.κ. Βαρθολομαίου ήλθαν και προσκύνησαν ο Σεβ. Αρχιεπίσκοπος Κρήτης κ. Τιμόθεος, ο οποίος είχε τη μεγάλη τιμή από τον Θεό να τον χειροτονήσει κληρικό, ο Σεβ. Μητροπολίτης Γορτύνης και Αρκαδίας κ. Κύριλλος, καθώς και ο πανοσιολογιώτατος Πρωτοσύγκελλος της παραπάνω Μητροπόλεως Αρχιμ. Χρυσόστομος Παπαδάκης, οι οποίοι τέλεσαν τρισάγια στο ιερό του σκήνωμα. Ο τελευταίος κατ' εντολήν του Αγίου Γορτύνης έφυγε αμέσως για Κρήτη για να παραστεί στην κηδεία και να εκφωνήσει τον επικήδειο λόγο.
Όντως είχαμε ένα νεοφανή άγιο μπροστά μας. Το σώμα του ήταν ζεστό, φωτεινό, μαλακό και ελαστικό, που νόμιζες ότι κοιμόταν και όχι ότι ήταν νεκρός. Έτσι διατηρήθηκε μέχρι τέλους. Ήταν ένα θαύμα και μια απόδειξη αγιότητας, που πρώτη φορά έβλεπα στη ζωή μου. (...)
Λόγοι του Γέροντα Ευμένιου
Να αγαπούμε τον άνθρωπο, μα πιο πολύ να αγαπούμε τον Θεό.
Ο Θεός τα θέλει όλα και όχι ό,τι μας περισσεύει.
Αν κανείς έχει κάποιο χάρισμα να μην υπερηφανευτεί, γιατί θα του το πάρει ο Θεός για να ταπεινωθεί.
Κάθε ταπεινός είναι και πράος, αλλά κάθε πράος μπορεί να μην είναι και ταπεινός.
Άμα δεν έχεις ταπείνωση, δεν έχεις καμμιά αρετή.
Αν κάτι σε στενοχωρεί, να λες: "Καλά να πάθω για τις αμαρτίες μου".
(Από το βιβλίο του Αντωνίου Σαριδάκη "Ο Άγιος Γέροντας Ευμένιος - Ο πράος και ταπεινός τη καρδία", σελ. 166 και 195)