Ομάδες τις Εθνικής Αντίστασης κυρίως του Ν.Ζέρβα (ΕΔΕΣ), αντιστάθηκαν στους ένοπλους τσάμηδες που ασκούσαν βία σε όλα τα χωριά.
Η πρώτη αποφασιστική νίκη ήταν στην μάχη της Μενίνα (Νεράιδας) που διήρκεσε δυο μερόνυχτα από τις 17 έως τις 18 Αυγούστου 1944
Οι Τσάμηδες μαζί με του Γερμανούς κατέφυγαν στον Αλβανία, ενώ ακολούθησαν τους ενόπλους και οι οικογένειες τους
Το 1945 το Ειδικό Δικαστήριο δοσίλογων Ιωαννίνων καταδίκασε ερήμην 1.930 εγκληματίες τσάμηδες, κάποιοι με την ποινή του θανάτου αν και είχαν καταφύγει ασφαλείς στην Αλβανία.
Μετά τις τελευταίες δηλώσεις του Αλβανού Πρωθυπουργού Εντι Ραμα, ότι υπάρχουν Αλβανοί πολίτες που δηλώνουν απόγονοι των τσάμηδων, είναι ιστορική ευκαιρία από την Ελλάδα να ζητήσει τις πολεμικές επανορθώσεις για τα εγκλήματα που διέπραξαν κατά της ανθρωπότητας, ενάντια στους κατοίκους των περιοχών που έδρασαν.