Μελανά γεγονότα κατά την διάρκεια της θητείας του η στάση του στην ψευτοσύνοδο του Κολυμπαρίου, η αλαζονική - επιθετική συμπεριφορά του σε Μητροπολίτες όπως ο Λεμεσού Αθανάσιος και φυσικά η αναγνώριση της υπό Αμερικής, σχισματικής ψευτοεκκλησίας της Ουκρανίας.
Ας τον συγχωρέσει ο Θεός και οι ανθρώποι που πλήγωσε και ας είναι πραγματικά ελαφρύ το χώμα που θα τον σκεπάσει. Δεν πρέπει να υπάρχει καμία εμπάθια για τον Χρυσόστομο Β' απλά ο επόμενος ας μάθει από τα λάθη του για να μην τα επαναλάβει και ζημιώσει περαιτέρω την Ορθοδοξία.