Η Μονή των Ποιμένων γνώρισε μεγάλη ακμή κατά τους πρώτους χριστιανικούς αιώνες. Από τον 4ο αιώνα καθιερώθηκε ως ιερός προσκυνηματικός τόπος, αφού συνδέεται με την αποκάλυψη της Γεννήσεως του Θεανθρώπου Χριστού στους βοσκούς από τους αγγέλους (Λκ. β' 8 - 14).
Εδώ, λοιπόν, δύο χιλιόμετρα ανατολικά της Βηθλεέμ της Ιουδαίας, οι ταπεινοί βοσκοί ευαγγελίστηκαν την Γέννηση του Σωτήρος Χριστού. Τον χώρο του φυσικού σπηλαίου, όπου ήσαν οι Ποιμένες κατά την ώρα της χαρμόσυνης δοξολογικής αγγελίας, τον διαμόρφωσε η βασιλομήτωρ Αγία Ελένη σε ναό και το δάπεδό του το έστρωσαν με πολύχρωμο μωσαϊκό δάπεδο (326 - 333 μ.Χ.). Σύμφωνα με τον Άγιο Ιερώνυμο, αλλά και την τοπική παράδοση, δυτικά του σπηλαίου υπάρχουν οι τάφοι, τριών εκ των μακαρίων εκείνων Ποιμένων που πρώτοι προσκύνησαν το Θείο Βρέφος. Πάνω από το σπήλαιο των Ποιμένων σώζονται τα ερείπια μεγαλόπρεπης μαρμάρινης βασιλικής του 6ου αιώνος.