Τὸ προφητικό του βιβλίο διαιρεῖται σὲ τρία μικρὰ κεφάλαια. Στὸ πρῶτο ἀπειλεῖ τοὺς Ἰουδαίους, ποὺ παρεξέκλιναν ἀπὸ τὸν Κύριο στὴν εἰδωλολατρία. Στὸ δεύτερο προλέγει τὴν καταστροφὴ τῆς Γάζας, τῆς Ἀσκαλῶνος, τῆς Ἀζώτου, τῆς Δαμασκοῦ, τῆς Αἰθιοπίας, τῆς Ἀσσυρίας καὶ ἄλλων ἀκόμα χωρῶν. Στὸ τρίτο ἐλέγχει τὴν Ἱερουσαλὴμ γιὰ τὴ διαφθορά της, ἀλλὰ καὶ τὴν ὀνομάζει ἐπιφανή, σὰν κοιτίδα λυτρώσεως τοῦ ἀνθρωπίνου γένους.
Τέλος, χαιρετίζει μὲ ἀγαλλίαση τὴν μέλλουσα ἐμφάνιση τοῦ Κυρίου στὴ Σιῶν. Ἀλλὰ ὁ Θεὸς μίλησε μὲ τὸ Στόμα τοῦ προφήτη καὶ νὰ τί εἶπε γιὰ τοὺς ἄνομους ἀνθρώπους: «Ἐξάρω τοὺς ἀνόμους ἀπὸ προσώπου τῆς γῆς, λέγει Κύριος... Καὶ τοὺς ἐκκλίνοντας ἀπὸ τοῦ Κυρίου καὶ τοὺς μὴ ζητοῦντας τὸν Κύριον καὶ τοὺς μὴ ἀντεχομένους τοῦ Κυρίου. Θὰ ξεριζώσω, λέει ὁ Κύριος, τους ἀνόμους ἀπὸ τὸ πρόσωπο τῆς γῆς. Καὶ θὰ τιμωρήσω αὐτοὺς ποὺ παρεκκλίνουν ἀπὸ τὶς ἐντολὲς τοῦ Κυρίου, αὐτοὺς ποὺ δὲν ζητοῦν μὲ τὴν προσευχή τους τὸν Κύριο καὶ δὲν κρατοῦν Αὐτὸν σὰν στήριγμά τους».
Ὁ προφήτης Σοφονίας πέθανε εἰρηνικὰ καὶ τάφηκε στὸν τόπο τῶν πατέρων του.
