Η σημαντικότερη πόλη του Πόντου ήταν χτισμένη σε έναν στρατηγικής σημασίας λόφο με απότομες πλαγιές και μικρά φαράγγια ή κοιλάδες γύρω γύρω. Ένα από αυτά μάλιστα, σήμερα έχει γίνει πάρκο που ονομάζεται Zagnos. Από αυτό το σημείο, τα τείχη της Τραπεζούντας, που σε μεγάλο βαθμό διασώζονται και σήμερα, φαίνονται θεόρατα. Δεν είναι τυχαίο λοιπόν που η πόλη κατάφερε και επιβίωσε μέχρι τη δεκαετία του 1460.
Η πόλη ήταν περιτειχισμένη και είχε τάφρους. Υπήρχαν τρία διαφορετικά επίπεδα. Η κάτω πόλη όπου βρισκόταν η αγορά και το λιμάνι, η Άνω πόλη όπου βρισκόταν ο σημαντικότερος ναός της Τραπεζούντας, ο καθεδρικός της Παναγίας Χρυσοκέφαλου
Τέλος υπήρχε και η Ακρόπολη, στην οποία έχτισαν τα περίφημα παλάτια τους οι Μεγάλοι Κομνηνοί της Τραπεζούντας. Δυστυχώς δεν έχουν γίνει ακόμα ανασκαφές στην Ακρόπολη, και ξέρουμε παρά ελάχιστα για το διοικητικό κέντρο της Αυτοκρατορίας της Τραπεζούντας.
