Τον 7ο και τον 8ο αιώνα η μονή κατελήφθη από τους μελκίτες,οι οποίοι ήταν μη χαλκηδόνιοι,σε αντίθεση με την πλειοψηφία των αιγυπτίων οι οποίοι ανήκαν στην αίρεση του Ευτυχίου,γεγονός επιβεβαιωμένο και από το Αιθιοπικό συναξάρι.
Τον 11ο αιώνα η Αίγυπτος χτυπήθηκε από πανώλη,αλλά υπέστη και τις μεγάλες επιθέσεις των Μαμελούκων Τούρκων.Η ανακαίνιση της μονής συνεχίστηκε τα υπόλοιπα χρόνια από τους μονοφυσίτες οι οποίοι μετά από πολλές προσπάθειες κατάφεραν να καταλάβουν το μοναστήρι του Αγίου Αντωνίου.
Μετάξυ των πολυάριθμων αντιγράφων και μεταφράσεων των χειρογράφων θα θυμίσουμε την εργασία του μοναχού Συμεών ο οποίος μετέφρασε στα αιθιοπικά το Αιθιοπικό Συναξάρι το οποίο αρχικά είχε γραφεί στα αραβικά.
Αυτή η περίοδος άνθησης έλαβε τέλος κατά το τέλος του 15ου αιώνα,όταν οι βεδουίνοι επιτέθηκαν στο μοναστήρι,σκότωσαν τους μοναχούς και κατέστρεψαν τα κτίρια.Η εκκλησία μετατράπηκε σε κουζίνα και τα σπάνια χειρόγραφα χρησιμοποιούνταν για να ανάβουν την φωτιά.
Κατά την διάρκεια των αιώνων η μονή έπαιξε σημαντικό ρόλο στην ιστορία της κοπτικής εκκλησίας.