Ο Άγιος Μακάριος γεννήθηκε στην Κίο της Βιθυνίας και ονομαζόταν αρχικά Μανουήλ. Ο πατέρας του ονομαζόταν Πέτρος και η μητέρα του Ανθούσα.
Σε μικρή ηλικία οι γονείς του τον παρέδωσαν σε κάποιο ευσεβή ράφτη, για να μάθει κοντά του την τέχνη. Απροσδόκητα ο πατέρας του αρνήθηκε τον Χριστό και πήγε στην Προύσα. Όταν κάποτε ο Μανουήλ πήγε και αυτός στην Προύσα, συνελήφθη από τον πατέρα του, που τον οδήγησε στον κριτή με την ψευδή κατηγορία, ότι δήθεν ο Μανουήλ υποσχέθηκε ότι θα γίνει Τούρκος. Παρά τις αντιρρήσεις του Μανουήλ, οι Τούρκοι, αφού τον έδειραν, του έκαναν περιτομή με τη βία. Μετά από λίγες ημέρες ο Μανουήλ κατάφερε και έφυγε για το Άγιον Όρος. Εκεί στη Σκήτη της Αγίας Άννας, εκάρη μοναχός με το όνομα Μακάριος. Ύστερα από 12 χρόνια παραμονής του στο Άγιον Όρος, πήρε την ευλογία να μαρτυρήσει για την πίστη. Έτσι μέσω Κωνσταντινούπολης έφτασε στην Προύσα, όπου τον συνέλαβαν και τον οδήγησαν στο κριτήριο. Απολογούμενος ομολόγησε τον Χριστό και ήλεγξε την μωαμεθανική θρησκεία λέγοντας: «Το να αρνηθώ εγώ την πίστη μου την αληθινή και να πιστέψω τη δική σας ψεύτικη δεν το κάμνω ποτέ, διότι δεν θα αφήσω το φως για να έλθω στο σκοτάδι». Τότε ο Άγιος βασανίστηκε φρικτά. Τελικά αφού τον λιθοβόλησαν άγρια, τον αποκεφάλισαν στις 6 Οκτωβρίου του 1590 μ.Χ. Αργότερα η κάρα του μεταφέρθηκε στη Σκήτη της Αγίας Άννας του Αγίου Όρους.