Ημέρες και νύχτες ο Ιωάννης τις αφιέρωνε στην μελέτη των ιερών κειμένων και των Πατέρων και ασχολήθηκε ιδιαίτερα με την συγγραφή κηρυγμάτων του θείου λόγου. Η αγάπη του προς τον μοναχικό βίο οδηγεί τα βήματά του στο μοναστήρι, όπου κείρεται μοναχός και λαμβάνει το όνομα Ιννοκέντιος. Λίγο αργότερα καλείται να διδάξει στη θεολογική ακαδημία της Αγίας Πετρουπόλεως και το 1826 μ.Χ. χειροθετείται αρχιμανδρίτης. Στις 21 Νοεμβρίου 1836 μ.Χ., κατά την ημέρα της εορτής των Εισοδίων της Θεοτόκου, χειροτονείται Επίσκοπος του Ζιγκιρίνσκ, στην περιοχή του Κιέβου. Κατά τα έτη 1841 - 1842 μ.Χ. μετατίθεται στην πόλη Βολογκντά και από το 1842 μ.Χ. μέχρι το 1848 μ.Χ. στην Επισκοπή του Χάρκωβ. Το 1857 μ.Χ., μετά την κοίμηση του Επισκόπου Χερσώνος και πάσης Ταυρίδος, καθίσταται Επίσκοπος της επαρχίας αυτής.
Τα προβλήματα που αντιμετωπίζει από τις φυλές των Τατάρων και τους Εβραίους είναι πολλά. Ο Άγιος αγωνίζεται να διασώσει από την καταστροφή ναούς και μονές και να εμψυχώσει το λαό. Στον πόλεμο της Κριμαίας, συμπαρίσταται με αγωνιστικό φρόνημα και πίστη πιο στρατιώτες που υπεράσπιζαν την πόλη. Το μεγαλείο της ψυχής και της ποιμαντικής δράσεώς του αποκαλύπτεται, όταν ο ίδιος επισκέπτεται και φροντίζει τους τραυματίες, τους πάσχοντες και τους ασθενείς από την αρρώστια του τύφου. Ήταν για όλους επίγειος άγγελος και παρηγορητής.
Έτσι αφού διακόνησε θεοφιλώς το ποίμνιό του, ο Άγιος Ιννοκέντιος κοιμήθηκε με ειρήνη το 1857 μ.Χ.