Ιδρύθηκε το 1608 από Ιερομόναχο Γρηγόριο Κοντογιάννη και την αδερφή του μοναχή Ευπραξία Παϊσία Κοντογιάννη. Η οικογένεια Κοντογιάννη ζούσε στο χωριό Εμιαλοί Μεσσηνίας και είναι πιθανόν οι ιδρυτές να ονόμασαν τη μονή από τον τόπο καταγωγής τους.
Μια άλλη εκδοχή για το όνομα της μονής αναφέρει ότι στη μονή πήγαιναν και θεραπεύονταν όσοι δεν είχαν σώας τας φρένας και έτσι «αποκτούσαν πίσω το μυαλό τους».
Μια τρίτη εκδοχή αναφέρει ότι κατά τη διάρκεια μιας λειτουργίας, ένα περιστέρι εισήλθε στον ναό της μονής και κάθισε στην Αγία Τράπεζα. Ο παπάς διέκοψε τη λειτουργία για να το διώξει και τότε η μοναχή Παϊσία του είπε «Μυαλά, παπά, μυαλά, παπά!» ώστε να επανέλθει στη λειτουργία καθώς θεώρησε το περιστέρι σύμβολο του αγίου πνεύματος.