Η ιστορία τους είναι μεταξύ του μύθου και της πραγματικότητας. Σύμφωνα με τη μυθολογία, ήταν απόγονοι του Αιακού, του γιου του Δία και της Αίγινας, ο οποίος ήταν ο μόνος επιζών από τον μεγάλο λοιμό που έστειλε η Ήρα στο νησί για να εκδικηθεί τον Δία.
Για τον λόγο αυτό, ο Δίας μεταμόρφωσε τα μυρμήγκια που βρίσκονταν σε ένα σάπιο κορμό σε ανθρώπους, οι οποίοι έγιναν γνωστοί ως Μυρμιδόνες. Κατά μια άλλη εκδοχή του μύθου, ο Δίας μεταμορφώθηκε σε μυρμήγκι για να αποπλανήσει την Ευρυμέδουσα.Ο γιος του Αιακού ήταν ο Πηλέας, ο οποίος βασίλεψε στην περιοχή της Φθίας, τη σημερινή Φθιώτιδα και παντρεύτηκε τη Θέτιδα, θεά της θάλασσας, με την οποία απέκτησε έναν γιο τον Αχιλλέα.
Σύμφωνα με τον χρησμό, ο Αχιλλέας ήταν ο άνθρωπος χάρη στον οποίο θα έπεφτε η Τροία. Ωστόσο, οι μάντεις είχαν προειδοποιήσει ότι θα γνώριζε μεγάλη δόξα, όμως θα πέθαινε.
Για τον λόγο αυτό η Θέτις, τον έντυσε κορίτσι και τον έδωσε στον Βασιλιά της Σκύρου, Λυκομήδη. Ωστόσο, όταν οι Έλληνες αποφάσισαν να πολιορκήσουν την Τροία, ο Οδυσσέας μεταμφιεσμένος σε έμπορο τον βρήκε και τον έπεισε να ηγηθεί της φυλής του.
Οι Μυρμιδόνες φορούσαν βαριά πανοπλία, η οποία είχε καφέ χρώμα, ήταν θαρραλέοι και ξεχώριζαν για τις πολεμικές τους ικανότητες. Είχαν δημιουργήσει έναν ισχυρό στόλο 50 πλοίων, με τον οποίο απέπλευσαν από ένα μικρό λιμάνι της Σκύρου για την Τροία. Οι Μυρμιδόνες ήταν η ισχυρότερη ελληνική φυλή που πήρε μέρος στον πόλεμο.
Υπολογίζεται ότι κατά τη διάρκεια της πολιορκίας είχαν κυριεύσει 11 πόλεις και 12 νησιά και προκάλεσαν ισχυρά πλήγματα στους εχθρούς.
Λέγεται ότι ο Αχιλλέας σκότωσε τόσους πολλούς που οι Θεοί αποφάσισαν ότι έπρεπε να πεθάνει. Σύμφωνα με την επικρατέστερη θεωρία σκοτώθηκε από ένα δηλητηριώδες βέλος του Πάρη το οποίο τον πέτυχε στη φτέρνα, το μοναδικό τρωτό σημείο στο σώμα του.