Από την είσοδο της μονής ξεκινάει ένα όμορφο μονοπάτι, πνιγμένο στην βλάστηση, που οδηγεί στο μοναστήρι. Πολύ κοντά στη μονή, σε απόσταση 200μ, βρίσκεται ο σπηλαιώδης ναός του Αγίου Αντωνίου, που πιθανόν λειτουργούσε ως ξεχωριστό μοναστήρι. Ο ναός έχει κι ένα δεύτερο νεότερο κλίτος αφιερωμένο στον Άγιο Σάββα. Η πρόσβαση γίνεται από ένα πανέμορφο μονοπάτι με μια πετρόκτιστη γέφυρα. Ο κεντρικός ναός των Σαββατιανών είναι σχετικά νέος και είναι αφιερωμένος στο Γενέσιο της Θεοτόκου και στους Σαράντα Μάρτυρες. Το μοναστήρι έχει ανακαινιστεί τα τελευταία χρόνια, χωρίς ωστόσο να χάνει την καλαισθησία του. Στο χώρο της Μονής υπάρχουν επίσης το κοιμητήριο, το οστεοφυλάκιο, ένας παλαιός μύλος, η τραπεζαρία των ξένων, το παλιό αρχονταρίκι, τα κελιά των μοναχών και το παλαιό υδραγωγείο.
Το μοναστήρι είναι γυναικείο και οι μοναχές είναι γνωστές για τα ωραία ιερατικά άμφια, τα οποία κατασκευάζουν στους κρητικούς αργαλειούς όπως επίσης και αλλά κρητικά κεντήματα. Στο μοναστήρι φυλάσσεται η πολύ παλιά εικόνα «Μέγας ει Κύριε» του Ιωάννη Κορνάρου, αντίγραφο της οποίας υπάρχει και στη Μονή Τοπλού. Η εικόνα θεωρούνταν χαμένη ως το 1991, όταν η αρχαιολογική υπηρεσία καθάρισε μια κατάμαυρη εικόνα και αποκαλύφτηκε η παλιά αγιογραφία.
Ανάμεσα στους Ηγούμενους της Μονής Σαββαθιανων ήταν και ο Μάξιμος Μαρνούνιος, γνωστός λόγιος της Ενετοκρατίας. Επίσης, στα Σαββατιανά υπάρχουν οι τάφοι δύο μεγάλων πολεμιστών κατά των Τούρκων, του Ευμένιου Βουρεξάκη και του Ηρακλή Κοκκινίδη.|