Ο Άγιος καταγόταν από τη Μυτιλήνη, από ευσεβείς γονείς,οι οποίοι τον ανέθρεψαν με ευσέβεια και φρόντισαν να μάθει τα ιερά γράμματα. Μεγαλώνοντας προχώρησε και σε ανώτερα μαθήματα και έγινε ένας από τους σοφούς της εποχής του. Παράλληλα ήταν και ευλαβής και φιλακόλουθος και στράφηκε στον ιερό κλήρο. Χειροτονήθηκε κατά τάξιν αναγνώστης, διάκονος και ιερέας και αξιώθηκε να αναδειχθεί και μητροπολίτης Χίου. Το 1656 εξελέγη Οικουμενικός Πατριάρχης.
Την εποχή εκείνη ο ηγεμόνας των Τατάρων, Ταταρχάνης, έστειλε ένα πρέσβη στον Καζακίας Χάτμανον, ο οποίος κατά την επίσκεψή του είδε ένα μητροπολίτη πρώην Νικαίας, να κάθεται τιμητικά με τον ηγεμόνα και να έχει πολλή επιρροή στους εκεί άρχοντες. Επιστρέφοντας στον ηγεμόνα του συκοφάντης από φθόνο τον εν λόγω μητροπολίτη, πως είναι σταλμένος από τον Πατριάρχη σίγουρα και ότι είναι προδότης και επιβουλεύεται την εξουσία των Τούρκων.
Ο ηγεμόνας των Τατάρων χωρίς να χάσει καιρό έγραψε γράμμα στον Βεζύρη, στον οποίο ανακοίνωσε όσα του είπε ο πρέσβης του. Ο Βεζύρης τότε διέταξε να παρουσιαστεί μπροστά του ο Πατριάρχης Παρθένιος και αφού ήλεγξε με κάθε επιμέλεια κατά πόσον αληθεύουν τα γραφόμενα του Χάνη, έβγαλε το συμπέρασμα ότι ο Πατριάρχης ήταν αθώος. Όμως για να μη προσβάλει τον Ταταρχάνη, ότι λέει ψέμματα, είπε στον Πατριάρχη ότι ή θα έπρεπε να τον θανατώσει ως προδότη ή θα μπορούσε να του χαρίσει τη ζωή, αν δεχόταν να αλλαξοπιστήσει, οπότε θα φαινόταν πως είναι ένα με τους Τούρκους και συνεπώς υπεράνω πάσης υποψίας.
Τον πήρε δε ο έπαρχος της πόλεως και τον παρακινούσε να γίνει τούρκος όχι μόνο για να γλυτώσει τη ζωή του αλλά και για να απολαύσει τιμές, πλούτη, αξιώματα. Μόλις τ’ άκουσε αυτά ο Άγιος του απάντησε :
Το ότι δεν είμαι προδότης, ούτε έχω σχέση με αυτήν την κατηγορία το ξέρετε πολύ καλά. Όσον αφορά το να αρνηθώ την πίστη μου για να γλυτώσω τον θάνατο, δεν πρόκειται ποτέ με κανένα τρόπο να αρνηθώ τον γλυκύτατό μου δεσπότη και Θεό Ιησού Χριστό. Ακόμα και μύριους θανάτους θα δεχόμουνα για το όνομά Του το Άγιο με χαρά και αγαλλίαση. Τις δε τιμές σας και τα αξιώματα ούτε να τ’ ακούσω δεν θέλω.
Ο έπαρχος άρχισε τότε να βασανίζει αλύπητα τον Άγιο, ελπίζοντας να τον καταφέρει ν’ αρνηθεί τον Χριστό. Ο Άγιος τα υπέμενε όλα με πολλή καρτερία, ευχαριστώντας τον Χριστό γιατί τον αξίωνε να πάσχει για το όνομά του το Άγιο και τον παρακαλούσε να του δίνει υπομονή μέχρι τέλους.
Βλέποντας ο Βεζύρης ότι τίποτε δεν κατορθώνει, διέταξε να τον απαγχονίσουν στο Παρμάκ καπί το Σάββατο του δικαίου Λαζάρου.
Το τίμιο λείψανό του παρέμεινε, κατά τη συνήθεια, τρεις μέρες κρεμασμένο και φρουρούμενο. Κάθε νύχτα ουράνιο φως άστραφτε γύρω από την αγία του κεφαλή.
Την τρίτη μέρα το ξεκρέμασαν οι Τούρκοι και το έριξαν στη θάλασσα. Οι Χριστιανοί το βρήκαν, το ανέσυραν κρυφά και το ενταφίασαν με πολλή ευλάβεια.