Το Βυζάντιο επιχείρησε πέντε φορές, από το 820μ.Χ. έως το 961 με απανωτές ήττες και μεγάλες απώλειες να ανακτήσει την Κρήτη από τους Άραβες, που την κατείχαν 140 χρόνια αλλά οι δυσκολίες ήταν ανυπέρβλητες.
Το 961 μ.Χ. επιχειρεί την απελευθέρωση της Κρήτης ο ένδοξος και ανδρείος αραβομάχος Στρατηγός και μετέπειτα Αυτοκράτορας και Άγιος, Νικηφόρος Φωκάς. Προετοιμάζει μια γιγαντιαία απόβαση με 3.300 πολεμικά και μεταγωγικά πλοία, τα οποία πλημμύρισαν το Αιγαίο κατευθυνόμενα στην Κρήτη, με τη βοήθεια του μυστικού όπλου των Βυζαντινών του «υγρού πυρός». Ήταν από τις μεγαλύτερες αποβάσεις στην ιστορία, τηρουμένων των αναλογιών, ισότιμη της απόβασης των συμμάχων στην Νορμανδία. Πνευματικό σύμβουλο στην εκστρατεία αυτή είχε τον φίλο του μοναχό και μετέπειτα Άγιο Αθανάσιο τον Αθωνίτη, ιδρυτή της Μονής Μ. Λαύρας του Αγίου Όρους, τον οποίο πίεσε να έλθει μαζί του, για να προσεύχεται για τη θετική έκβαση της δύσκολης αυτής επιχείρησης, όπως και έγινε. Η απόβαση έγινε κοντά στον Χάνδακα (Ηράκλειο). Ακολουθούν σφοδρές μάχες με τους Άραβες και καταλαμβάνεται το Ηράκλειο. Έπεται μια φοβερή σφαγή, αδιάκριτα ηλικίας και φύλου, ως εκδίκηση των Βυζαντινών για τις πέντε αποτυχημένες εκστρατείες. Χαρακτηρίζεται από τις μεγαλύτερες σφαγές στην ιστορία. Όταν ο Νικηφόρος Φωκάς μπήκε στον Χάνδακα με δυσκολία κατόρθωσε να σταματήσει το κακό. Άραβας ιστορικός υπολογίζει σε 200 χιλιάδες τους φονευθέντες και άλλους τόσους αιχμαλωτισθέντες:(Βλ. Στεφ. Ξανθουλίδου, Ιστορία της Κρήτης, σ.72). Έτσι η Κρήτη υπάγεται ξανά στη Βυζαντινή αυτοκρατορία, με πολιτικό, θρησκευτικό και στρατιωτικό κέντρο το Χάνδακα. Ο Νικηφόρος Φωκάς, γκρεμίζει τα τείχη στον Χάνδακα, κτίζει εκκλησίες, και μετατρέπει τα μουσουλμανικά τεμένη σε εκκλησίες, κάνει οχυρώσεις και καθιστά την Κρήτη σκοπιά και προπύργιο του Ελληνισμού κατά των επιθέσεων των Αράβων. Τότε κτίζεται και ο ναός του Αποστόλου Τίτου στον Χάνδακα, στην ίδια θέση που είναι ο σημερινός. Επειδή μεγάλο μέρος του πληθυσμού κάτω από την πίεση των Αγαρηνών είχε εξισλαμισθεί, ο ευσεβής Νικηφόρος Φωκάς μεταφέρει στην Κρήτη τον Άγιο Νίκωνα των μετανοείτε, που επανάφερε στο Χριστιανισμό μεγάλο μέρος των Κρητών.
Εμπλουτίζει τον Κρητικό πληθυσμό με σπουδαίες οικογένειες Ελλήνων κυρίως, αλλά και Αρμενίων στρατιωτών του, Σλάβων και βαρβάρων Χριστιανών από την Μ. Ασία κυρίως, παραχωρώντας τους καλλιεργήσιμες εκτάσεις και βοσκότοπους. Από τους αποίκους αυτούς προήλθαν τα ονόματα των χωριών Αρμένοι από τους Αρμένιους στρατιώτες που εγκατέστησε (στη Σητεία, Ρέθυμνο, Αποκόρωνα, Αρμενοχωριό στην Κίσσαμο, Σκλάβοι και Σκλαβελοχώρι στη Σητεία και πεδιάδα, Βαρβάροι στο Ηράκλειο κλπ).
Το 1000-1050 μ.Χ., ασκεί έντονο ιεραποστολικό έργο στην Κρήτη ο Άγιος Ιωάννης ο Ξένος. Το 1090 μ.Χ., το Βυζάντιο έστειλε στην Κρήτη δώδεκα αρχοντικές οικογένειες, παραχωρώντας τους μεγάλες εκτάσεις γης. Οι απόγονοι των οικογενειών αυτών, τα ονόματα των οποίων σώζονται μέχρι σήμερα (Φωκάδες, Καλλέργηδες, Μελισσηνοί, Σκορδίληδες που κάποιοι ονομάστηκαν και Πάτεροι, Γαβαλάδες, Μουσούροι, Βαρούχες, Αρκολέοι, Βλαστοί, Λίθινες ή Λίτινες, Αργυρόπουλοι, Καλαφάτοι ή Καφάτοι, Χορτάτζηδες), ηγήθηκαν αργότερα σε πολλές επαναστάσεις κατά των Βενετών και στήριξαν την βυζαντινή παράδοση στην Κρήτη:(Βλ.ΘεοχάρηΔετοράκη, Η Κρήτη των αιώνων και των αγώνων, ό.π., σ.64). Ως ένδειξη ευγνωμοσύνης ο Νικηφόρος Φωκάς, όταν έγινε Αυτοκράτορας, απ’ αυτά τα πλούτη των Αράβων του Χάνδακα, χορηγεί στον Άγιο Αθανάσιο τον Αθωνίτη, μεγάλα ποσά, για την ανοικοδόμηση της Μονής της Μεγίστης Λαύρας του Αγίου Όρους, όπου μέχρι σήμερα διασώζεται η επίσημη αυτοκρατορική στολή του με τη μίτρα, που χάρισε στη Μονή και είναι πανομοιότυπη με την επίσημη λειτουργική στολή του Πατριάρχη και των Μητροπολιτών.
Στο Τυπικό της Μεγίστης Λαύρας, το οποίο εγράφη μεταξύ του 970 και του 975 ο Αθανάσιος αναφέρεται τιμητικά και στον αοίδιμο πλέον Νικηφόρο, που είχε δολοφονηθεί. Τον χαρακτηρίζει ζηλωτή του μοναχικού βίου, «μέγαν ἐνβασιλεῦσικαί πολύν τήνἀνδρείανκαίτήνἀρετήν», τον οποίον ο αριστοτέχνης Θεός τον αξίωσε «ὡς γέρας (βραβείον) ἄξιον» να εκπορθήσει τις βαρβαρικές πόλεις. Ο ΆγιοςΑθανάσιος τιμά τον Νικηφόρο γράφοντας ότι ξεπέρασε τους μοναχούς των ορέων με τις αγρυπνίες του, τις συνεχείς γονυκλισίες και με τη σωφροσύνη του.
Ο Νικηφόρος Φωκάς είναι ένας από τους 10 Αγίους Βυζαντινούς Αυτοκράτορες από σύνολο Αυτοκρατόρων 92 και τιμάται την 11η Δεκεμβρίου.