Ο νέος και ωραίος Θεόδωρος περιπλανήθηκε αρκετά σε διάφορους τόπους, για να βρει κατάλληλο άνθρωπο, που θα τον βοηθούσε στη συγχώρεση και τη σωτηρία του. Επισκέφθηκε την Βενετία, όπου αρχιεράτευε ο σοφός και άγιος μητροπολίτης Φιλαδελφείας Γαβριήλ Σεβήρος (1577 - 1616 μ.χ.). Σημειώνεται στον βίο του: «Τετυχηκώς εγεγόνει θείων τε και θαυμασίων ανδρών. Τούτων δ΄ ην ο τα πρωτεία φέρων και των αρχιερέων τω όντι ακρότης κύριος Γαβριήλ, ο της αγιωτάτης μητροπόλεως Φιλαδελφείας προϊστάμενος, ον δια την ενούσαν αυτώ αρετήν και σοφίαν, των καθ’ ημάς και των θύραθεν, η των Ενετών αριστοκρατία, ως του ελληνικού γένους Κυβερνήτην άριστον δια τιμής άγουσα, ηγούμενον τούτου και οικονόμον απεκατέστησε μάλιστα». Ο άγιος αυτός ιεράρχης τον δίδαξε, τον νουθέτησε, τον στήριξε και τον έκειρε μοναχό, ονομάζοντας τον Θεοφάνη. Τον παρότρυνε προς το μαρτύριο, λέγοντας του πως η ολοκλήρωση της μετανοίας του θα είναι να χύσει το αίμα του για τον Χριστό, τον όποιο είχε αρνηθή. Ο Θεοφάνης στερεωμένος με αρχιερατικές ευχές, θεία δύναμη και θερμή πίστη επέστρεψε στην πατρίδα του για να μαρτυρήσει.
Περιπλανήθηκε πάλι πολύ, μέχρι να φθάσει τελικά στο ποθούμενο μαρτύριο. Από την Κωνσταντινούπολη, όπου δεν κατάφερε να μαρτυρήσει, πηγαίνει στην Αθήνα, όπου μετά τριήμερη προσευχή, παρουσιάζεται στον εκεί δικαστή με θάρρος, ομολογώντας δημόσια τη χριστιανική του πίστη και τη λανθασμένη του πρότερη άρνησή της. Δεν καταφέρνει τίποτε και ο δικαστής τον διώχνει. Στη συνέχεια μεταβαίνει στην Εύβοια και την Λάρισα προκαλώντας τους δικαστές να τον οδηγήσουν στο μαρτύριο. Στην Λάρισα ο σκληρός και άγριος δικαστής διατάζει να τον μαστιγώσουν εξακόσιες φορές. Μέσα από τις πληγές του ο άγιος ευχαριστεί τον Θεό που πάσχει και χαίρεται πραγματικά θεωρώντας ότι πάσχει άλλος και όχι ο ίδιος. Προσευχόμενος θεραπεύεται και αναχωρεί για το Άγιον Όρος.
Στο Άγιον Όρος συνάντησε ενάρετους μοναχούς και πνευματικούς, τους οποίους συμβουλεύθηκε και οι όποιοι τον στερέωσαν και τον όπλισαν με τις ευχές και ευλογίες τους: «Πολλοίς των θαυμασίων ολοσχερώς της αρετής αντεχομένοις εντυχών, εξ ων εύχρηστα τε και κάλλιστα αρυσάμενος». Παρέμεινε στη μονή Βατοπαιδίου και εκεί συναντήθηκε με τον μελλοντικό βιογράφο-ύμνογράφο του λόγιο ιεροδιάκονο Συνέσιο τον Βατοπαιδινό, του οποίου η βιογραφία σώζεται στη μονή.
Ενισχυμένος από το Άγιον Όρος μεταβαίνει πάλι στην Κωνσταντινούπολη για την εκπλήρωση του σκοπού του. Σημαντική ήταν εκεί η γνωριμία του με τον νέο «αλείπτη» του πνευματικό Ευθύμιο. Αυτός τον προετοίμασε κατάλληλα για το μαρτύριό του, ώστε να μη δειλιάσει και αποκάμει. Μετέλαβε των αχράντων μυστηρίων και μετά από ολονύκτια, θερμή και μετά δακρύων προσευχή οδηγήθηκε με θάρρος και τόλμη στο δικαστήριο, για να ομολογήσει απτόητα τον σταυρωθέντα και αναστηθέντα Χριστό ως μόνο αληθινό Θεό. «Τη του ζωοποιού σταυρού πανοπλία καθοπλισάμενος, και «επ΄ ονόματι της τρισσοφαούς και παναιτίου και ζωαρχικής Παναγίας Τριάδος» ειπών».
Με όλη τη δύναμη της ψυχής του ομολόγησε τον Χριστό θεό αληθινό ενώπιον του δικαστηρίου και δήλωσε τη μετάνοια του για την εκτροπή του στη μουσουλμανική θρησκεία. θυμωμένος ο δικαστής ζήτησε την άμεση φυλάκισή του, για να σκεφθεί καλύτερα την καλύτερη τιμωρία του. Οι δέσμιοι ειρωνευόμενοι τον οδηγούσαν στη φυλακή κλωτσώντας και ραπίζοντάς τον σκληρά. Πάλι ο δικαστής τον κάλεσε να απολογηθεί για να δει μήπως ήταν μεθυσμένος η σαλεμένος. Ο άγιος όμως με περισσή λογική, ευφράδεια και αποδείξεις επέμενε ότι αμάρτησε φρικτά που παρασύρθηκε από την ασέβεια, χαίρεται που επέστρεψε στον Χριστό και δεν πτοείται από καμιά τιμωρία. Ο δικαστής διέταξε να τον μαστιγώσουν επτακόσιες φορές, να τον οδηγήσουν δέσμιο στη φυλακή και να τον φυλάγουν.
Κατά τη δεύτερη αυτή φυλάκισή του οι δεσμώτες του τον βασάνιζαν συνέχεια με διάφορα και βαρειά βασανιστήρια. Μάλιστα τον ειρωνεύονταν και τον προκαλούσαν να δουν κάποιο θαύμα από αυτόν. Ο άγιος προσευχόταν ατάραχα στον ήλιο της δικαιοσύνης Χριστό και την Υπεραγία Θεοτόκο επί τρεις ώρες. Όταν είπε το «αμήν» της προσευχής του, έγινε μεγάλος σεισμός. Συνταράχθηκαν τα θεμέλια της φυλακής, και ενώ ήταν νύχτα έλαμψε όλος ο τόπος από υπερουράνιο φως. Ο άγιος σε στάση προσευχής, λυμένος από τα δεσμά του, φωτεινός και χαρούμενος, δόξαζε τον θεό. Οι διώκτες βασανιστές του είχαν μεταβληθεί από άγρια θηρία σε ήμερα πρόβατα, που ζητούσαν συγχώρεση παρακλητικά, του προσκυνούσαν τα πόδια και τον ικέτευαν να τους ελεήσει για όσα κακά του έκαναν πριν. Μερικοί μάλιστα, ακούοντας την ωραία διδασκαλία του οσιομάρτυρος πίστεψαν στον Χριστό.
Όταν οι άρχοντες πληροφορήθηκαν τα γενόμενα, τον κάλεσαν πάλι στο δικαστήριο για απολογία. Ο άγιος προσήλθε άφοβος και παρά τις απειλές για τη ζωή του και τις υποσχέσεις, για μια ζωή πολυτελή και άνετη αν αρνηθεί τον Χριστό, επέμενε υποστηρίζοντας τη χριστιανική πίστη ως μόνη αληθή, διαλύοντας τ΄άσοφα επιχειρήματα των δικαστών και στηλιτεύοντας την πολλή άγνοιά τους. Απογοητεύθηκαν οι δικαστές από την υπομονή και την επιμονή του, όπως και οι βασανιστές του, που τον παρακολουθούσαν παράδοξα να χαίρεται στις τιμωρίες που τον υπέβαλαν. Αποφάσισαν λοιπόν να τον βασανίσουν φρικτά και να τον θανατώσουν. Έτσι τον ανασκολοπίζουν, γδέρνουν λωρίδες από το στήθος και την πλάτη του, τον ανεβάζουν σε μουλάρι και τον γυρίζουν στους δρόμους της Κωνσταντινούπολης προς θεατρινισμό και εξευτελισμό του. Κατόπιν τον ρίχνουν σε τσιγγέλια, που διαπερνούν το σώμα του, τον καταξεσκίζουν και τον καταματώνουν.
Μέσα σε όλα αυτά τα φρικτά βασανιστήρια και τους μεγάλους πόνους ο άγιος, παρέμενε ατάραχος και θερμά προσευχόμενος. Ευχαριστούσε εγκάρδια την Αγία Τριάδα που τον αξίωσε του ποθούμενου και παρακαλούσε να φανεί σημείο στους άπιστους. Μετά την προσευχή του αγίου κατέβηκε ένα πρωτοφανέρωτο από τον ουρανό ολόλευκο πτηνό σαν περιστέρι. Στη θέα του ο άγιος γέμισε χαρά και ευχαρίστηση, ενώ όλοι οι παρόντες έμειναν απορημένοι και έκπληκτοι. Οι Τούρκοι θαυμάζοντας έλεγαν μεταξύ τους: «Αλήθεια, αληθινός θεός είναι ο Χριστός, που κηρύττεται και δοξάζεται από τον μάρτυρα». Το πτηνό έμεινε εκεί τρεις ώρες και έφυγε. Αρχισε να σκοτεινιάζει. Ο άγιος φώναξε, όπως ο Χριστός στον σταυρό: «διψώ». Οι δήμιοί του άρπαξαν την ευκαιρία και άρχισαν να τον πειράζουν λέγοντάς του· «γίνε σαν και εμάς και θα σου δώσουμε νερό». Ο άγιος δεν ταράζεται και τους άπαντα πως τον δροσίζει ο Χριστός και διψά μόνο τη σωτηρία του.
Μέσα στη νύχτα που ακολούθησε ήλθαν δυνατές βροντές και αστραπές, ενώ ουράνιο φως τύλιξε το καταταλαιπωρημένο σώμα του ένδοξου νεομάρτυρα. Οι παριστάμενοι Τούρκοι με θαυμασμό, ύστερα από όλα τα θαυμάσια που έβλεπαν, διεκήρυτταν πως μία και μόνη των Χριστιανών η ευσέβεια είναι καθαρά αληθινή. Τότε οι δήμιοι φοβήθηκαν ότι θα προσηλυτισθεί ο λαός και παίρνοντας με αγριότητα στα χέρια τους ότι αιχμηρό αντικείμενο έβρισκαν μπροστά τους άρχισαν βάρβαρα να γδέρνουν το πρόσωπό του και του έβγαλαν τα μάτια. Ο άγιος εξέπνευσε και παρέδωσε το πνεύμα στον Πλάστη του, που τόσο αγάπησε και για τον οποίο αυτοπροαίρετα και πρόθυμα θυσιάσθηκε.
Τότε οι φιλόχριστοι, φιλάγιοι και φιλομάρτυρες χριστιανοί, δίνοντας δώρα και χρήματα στους δήμιους, πήραν τα τίμια λείψανα του μάρτυρος και μάζεψαν με ευλάβεια το αίμα του. Αυτά έγιναν πηγή θαυμάτων σε χωλούς, λεπρούς, δαιμονισμένους, ανίατα και πολυχρόνια ασθενείς, που με πίστη τα προσκυνούσαν και επικαλούνταν τον άγιο. Όσοι όμως από τους δημίους πρωτοστάτησαν στην κατακρεούργηση του μάρτυρος, είχαν κακό τέλος. Αλλοι τυφλώθηκαν, άλλοι τρελλάθηκαν και μανιασμένοι πνίγηκαν στη θάλασσα, άλλων τα χέρια ξεράθηκαν και ο καθένας απέλαβε τη δίκαιη τιμωρία. Ορισμένοι πάλι μετανόησαν, επικαλέσθηκαν τη βοήθεια του αγίου και έγιναν μάρτυρες και κήρυκες των θαυμάτων του και της χριστιανικής πίστης, που αναδεικνύει τέτοιες αγέρωχες ιερές μορφές, όπως τον ένδοξο μεγαλομάρτυρα, νεομάρτυρα Θεοφάνη.
Το μαρτύριο του αγίου τοποθετείται στις 8 Ιουνίου 1559 μ.Χ. Όλοι βασίζονται στο Νέο Μαρτυρολόγιο του αγίου Νικοδήμου του Αγιορείτου. Κατά ορθή όμως παρατήρηση του αγιολόγου καθηγητή κ. Π. Β. Πάσχου το μαρτύριο του αγίου τοποθετείται το 1588 μ.Χ. βάσει του Κώδικος 339 του Μετοχίου του Παναγίου Τάφου στην Κωνσταντινούπολη και του Κώδικος 797 της Ιεράς Μεγίστης Μονής Βατοπαιδίου, όπου τα χρονολογικά στοιχεία με τον αναφερόμενο μητροπολίτη Φιλαδελφείας Γαβριήλ Σεβήρο (1577 - 1616 μ.Χ.), από τον οποίο εκάρη ο οσιομάρτυς Θεοφάνης στη Βενετία, δεν συμφωνούν με τη μαρτυρική του τελείωση το 1559 μ.Χ.
Όπως αναφέραμε, βιογράφος και υμνογράφος του είναι ο ιεροδιάκονος Συνέσιος Βατοπαιδινός.